主に文章選択式のＡＤＶと同様の操作です。
ストーリー部分を際立たせる為に、シンプルな選択肢方式を採用します。 またストーリーの分岐を決定するのは途中に表れる選択肢によって決定します。 ただしメインのストーリーは１本のみです。

重要な場面や調査が必要な場面では、 アクティブ・リアクションモード（ＲＥ-ＡＣＴ） に移行します。
ＲＥ-ＡＣＴでは、ボタンに行動が割り振られ、 キャラクターがそのボタンに対応した動作を直接行うことによって会話や 調査を進めるモードです。 調査ＡＤＶにありがちなコマンド選択の手間を省き、直接的なアクションを起こさせる事で、 キャラクターとプレーヤーのシンクロを計ります。

物語中に潜むヒントを元に、集めた情報から必要な情報を選択し、謎を解き明かします。
情報の選択を誤ると正しい推理は行なえません。

正しい情報を選択すると、情報が整理され、物語が進行します。
ただし、その整理された情報から導き出されたヒントも直接犯人を示すものではなく、 推理のためのヒントに過ぎません。
最後は自分で推理して犯人を導き出さなければいけません。

基本的にはＡＤＶ形式で進行します。
しかし、事件を解決するには会話や調査から、ヒントを探し出さなければいけません。
調査中、テキストには怪しい個所に色がついており、そのテキストが怪しいと感じた場合コントローラーに指定されている『思考ボタン』を押すことで、そのテキストに関して思考する事が出来ます。
この思考個所が推理に正しく繋がる個所であれば新たな情報が引き出せ、推理に必要な情報が蓄積していきます。

情報はメニューで選択できるウィンドウに蓄積され、いつでも見ることができます。
そして、事件解決へのヒントとなる情報が一定値溜まると推理画面になり、犯人を選択できます。
また、思考ボタンを押せる回数は決まっており、必要な情報が溜まる前にボタンを使い切ってしまった場合は、調査を一定箇所からやり直しになります。

先述した推理ボタンシステムで得たヒントが、誰かが落とした『視覚の欠片』に関わる部分であれば『視点取得』が行われ、欠片が二つ揃えば、『視覚結晶』として視覚情報が流れます。
視角結晶とは、その欠片を落とした人物が 欠片を落とすきっかけとなった場面を、視覚情報でそのまま見ることが出来ます。

視覚情報は取得すると画面が切り替わり、自動で進行する映像として流れます。 主人公が観た視点は記憶され、一覧のリストに記録されていきます。 そして、記録されている視点は、視覚の欠片を選択する事で何時でも観る事が出来ます。

また視覚結晶に関する情報が一定値満たされると、視覚結晶内の映像から情報を引き出せるようになります。
視覚結晶は見ただけでは誰のものか解らないものもあります。 その中には殺人犯の視点や事件の重要な情報が含まれたものもあり、主人公は捜査 の過程で得た情報から視点の主を判別したり、さらに視点に含まれる情報から推理して事件を解決へ導いたりします。